Under kyrkans hundraåriga historia och renoveringarna år 1928, 1959 och 1999 har man strävat efter att bibehålla Missionskyrkan i en så ursprunglig skepnad som möjligt. Predikstolen befinner sig bakom altaret.

Kyrkans glasmålningar donerades av Helsingfors Svenska Missionsförening för att hylla baron Wrede på hans 60-årsdag. Wrede bestämde själv motiven: Kristi födelse och korsfästelse. Ett halvklot på vardera fönstret för tankarna till befallningen: "Gå ut i hela världen". Glasmålningarna, ritade av C. W. Sjöberg, torde vid sidan av glasmålningarna i Kimito kyrka ha varit de första som tillverkades i Finland.

Ursprungligen hade kyrkan en altartavla med motivet Kristus i Getsemane. Denna skänktes till församlingsinstitutet i Engela, Namibia år 1959 och ersattes av ett enkelt kors av namibiskt virke.

Andliga sånger och psalmer

Musiken har alltid haft en viktig plats i missionskyrkans verksamhet. Samlingen "Andliga Sånger och Psalmer" som utgivits av Finska Missionssällskapet har oskiljaktligt hört samman med Missionskyrkans historia. Kända namn i Finlands musikliv har verkat som organister i Missionskyrkan: Armas Maasalo i ca tio år och Einar Nyman i över trettio år.

Den ursprungliga orgelns fasad från 1901 och en betydande del av de gamla piporna kunde bevaras då det nya instrumentet med 15 register byggdes år 1971. Kyrkans goda akustik och idylliska utseende har gjort den till en eftertraktad plats för konserter, vigslar, dop och andra tillställningar.